《神奇寶貝 終極紅寶石 / 始源藍寶石》是 2002 年推出的《神奇寶貝》系列本篇第 3 代作品《神奇寶貝 紅寶石 / 藍寶石》多年後首次重新製作的版本。

冒險的舞台是「ホウエン」地方，由縱長型的主島和散落周圍的幾個小島構成。
在滿是綠色的主島裡，有活火山吹出的濃煙和煙霧，及浮在廣闊海洋上的青青島嶼。
在大自然潤澤的ホウエン地方裡，神奇寶貝們及人類互相幫助，一起生活。而故事就從幫助未白鎮的研究所神奇寶貝博士「小田卷」開始......