有一天暴風雨的晚上,碧姬公主去察看磨菇王國裡一顆不可思議的「尾巴樹」,
但是到早上遲遲都沒有回來,瑪利歐和奇諾比奧們一起去找碧姬公主,
到了那邊只有一顆被暴風雨吹的葉子都不剩的尾巴樹和一封庫巴抓走碧姬公主的照片。
得知消息的瑪利歐立即踏上冒險旅程去解救碧姬公主....。